Datenupload per Labormanagementsystem

Das Übermitteln von Sequenzdaten erfolgt in mehreren Schritten, um die für die Übermittlung notwendigen FHIR Ressourcen zu übertragen.

In einem ersten Schritt wird eine DocumentReference Ressource mit Meta-Informationen zu den Sequenzdaten angelegt. Dies erfolgt über eine FHIR create-Operation, welche durch einen http-POST-Request abgebildet wird. Im darauf folgenden Schritt werden die eigentlichen Sequenzdaten als Anhang dieser Ressource erstellt. Dies erfolgt über eine spezielle FHIR-Operation $binary-access-write. Die Sequenzdaten werden damit als Anhang dieser DocumentReference erstellt. Im letzten Schritt erfolgt die Meldung des Sequenzdatenuploads über einen DEMIS Meldung, in welcher die entsprechende Id der DocumentReference Ressource verlinkt ist. Die Senden der Meldung erfolgt über die dafür vorgesehene FHIR-Operation $process-notification-sequence.

Der Ablauf ist in folgendem Sequenzdiagramm dargestellt.

Ablauf

  • [1]: Document Reference FHIR Ressource Objekt erzeugen mit Informationen über Sequenzdatei (insbesondere content type z.B. seq-na-fastq-gzip)
  • [2]: POST request zur Erzeugung der DocumentReference in DEMIS (POST/surveillance/notification-sequence/fhir/DocumentReference)
  • [7]: Response mit Document Reference ID – (Zwischenspeichern, wird später genutzt)
  • [9]: POST Request zum Hochladen der Binärdatei (Sequenz) mit DocumentReference ID aus Schritt [7] (POST/surveillance/notification-sequence/fhir/DocumentReference//$binary-access-write?path=DocumentReference.content.attachment)
  • Loop Schritt 1-9 für Anzahl der Sequenzen aus einer IGS Meldung
  • [15]: Erzeugung der IGS Meldung gemäß Definition und allen zugehörigen DocumentReference ID
    • Pfad für DocumentReferenceID: MolecularSequence.extension[https://demis.rki.de/fhir/StructureDefinition/SequenceDocumentReference]/valueReference/reference
  • [16]: POST Request zum Absenden der IGS Meldung (POST/surveillance/notification-sequence/fhir/$process-notification-sequence)