mex.extractors.biospecimen.models package

Submodules

mex.extractors.biospecimen.models.source module

class mex.extractors.biospecimen.models.source.BiospecimenResource(*, file_name: str, sheet_name: str, zugriffsbeschraenkung: str, alternativer_titel: str | None, anonymisiert_pseudonymisiert: str | None, kontakt: list[str], mitwirkende_fachabteilung: str | None, mitwirkende_personen: str | None, beschreibung: list[str], weiterfuehrende_dokumentation_titel: str | None, weiterfuehrende_dokumentation_url_oder_dateipfad: str | None, externe_partner: str | None, tools_instrumente_oder_apparate: str | None, schlagworte: list[str], id_loinc: list[str], id_mesh_begriff: list[str], methoden: list[str], methodenbeschreibung: list[str], verwandte_publikation_titel: str | None, verwandte_publikation_doi: str | None, ressourcentyp_allgemein: str | None, ressourcentyp_speziell: list[str], rechte: str | None, vorhandene_anzahl_der_proben: str | None, raeumlicher_bezug: list[str], zeitlicher_bezug: list[str], thema: list[str], offizieller_titel_der_probensammlung: list[str], verantwortliche_fachabteilung: str, studienbezug: list[str])

Bases: BaseModel

Model class for Biospecimen source entities.

alternativer_titel: str | None

anonymisiert_pseudonymisiert: str | None

beschreibung: list[str]

externe_partner: str | None

file_name: str

id_loinc: list[str]

id_mesh_begriff: list[str]

kontakt: list[str]

methoden: list[str]

methodenbeschreibung: list[str]

mitwirkende_fachabteilung: str | None

mitwirkende_personen: str | None

model_computed_fields: ClassVar[Dict[str, ComputedFieldInfo]] = {}

A dictionary of computed field names and their corresponding ComputedFieldInfo objects.

model_config: ClassVar[ConfigDict] = {'extra': 'ignore', 'populate_by_name': True, 'str_max_length': 100000, 'str_min_length': 1, 'str_strip_whitespace': True, 'use_enum_values': True, 'validate_assignment': True, 'validate_default': True}

Configuration for the model, should be a dictionary conforming to [ConfigDict][pydantic.config.ConfigDict].

model_fields: ClassVar[Dict[str, FieldInfo]] = {'alternativer_titel': FieldInfo(annotation=Union[str, NoneType], required=True), 'anonymisiert_pseudonymisiert': FieldInfo(annotation=Union[str, NoneType], required=True), 'beschreibung': FieldInfo(annotation=list[str], required=True), 'externe_partner': FieldInfo(annotation=Union[str, NoneType], required=True), 'file_name': FieldInfo(annotation=str, required=True), 'id_loinc': FieldInfo(annotation=list[str], required=True), 'id_mesh_begriff': FieldInfo(annotation=list[str], required=True), 'kontakt': FieldInfo(annotation=list[str], required=True), 'methoden': FieldInfo(annotation=list[str], required=True), 'methodenbeschreibung': FieldInfo(annotation=list[str], required=True), 'mitwirkende_fachabteilung': FieldInfo(annotation=Union[str, NoneType], required=True), 'mitwirkende_personen': FieldInfo(annotation=Union[str, NoneType], required=True), 'offizieller_titel_der_probensammlung': FieldInfo(annotation=list[str], required=True), 'raeumlicher_bezug': FieldInfo(annotation=list[str], required=True), 'rechte': FieldInfo(annotation=Union[str, NoneType], required=True), 'ressourcentyp_allgemein': FieldInfo(annotation=Union[str, NoneType], required=True), 'ressourcentyp_speziell': FieldInfo(annotation=list[str], required=True), 'schlagworte': FieldInfo(annotation=list[str], required=True), 'sheet_name': FieldInfo(annotation=str, required=True), 'studienbezug': FieldInfo(annotation=list[str], required=True), 'thema': FieldInfo(annotation=list[str], required=True), 'tools_instrumente_oder_apparate': FieldInfo(annotation=Union[str, NoneType], required=True), 'verantwortliche_fachabteilung': FieldInfo(annotation=str, required=True), 'verwandte_publikation_doi': FieldInfo(annotation=Union[str, NoneType], required=True), 'verwandte_publikation_titel': FieldInfo(annotation=Union[str, NoneType], required=True), 'vorhandene_anzahl_der_proben': FieldInfo(annotation=Union[str, NoneType], required=True), 'weiterfuehrende_dokumentation_titel': FieldInfo(annotation=Union[str, NoneType], required=True), 'weiterfuehrende_dokumentation_url_oder_dateipfad': FieldInfo(annotation=Union[str, NoneType], required=True), 'zeitlicher_bezug': FieldInfo(annotation=list[str], required=True), 'zugriffsbeschraenkung': FieldInfo(annotation=str, required=True)}

Metadata about the fields defined on the model, mapping of field names to [FieldInfo][pydantic.fields.FieldInfo] objects.

This replaces Model.__fields__ from Pydantic V1.

offizieller_titel_der_probensammlung: list[str]

raeumlicher_bezug: list[str]

rechte: str | None

ressourcentyp_allgemein: str | None

ressourcentyp_speziell: list[str]

schlagworte: list[str]

sheet_name: str

studienbezug: list[str]

thema: list[str]

tools_instrumente_oder_apparate: str | None

verantwortliche_fachabteilung: str

verwandte_publikation_doi: str | None

verwandte_publikation_titel: str | None

vorhandene_anzahl_der_proben: str | None

weiterfuehrende_dokumentation_titel: str | None

weiterfuehrende_dokumentation_url_oder_dateipfad: str | None

zeitlicher_bezug: list[str]

zugriffsbeschraenkung: str

Module contents